Lorsqu'éclate la seconde guerre mondiale, la vie familiale se poursuit à Toulouse. Henri n'est pas mobilisable et après avoir obtenu sa deuxième partie du baccalauréat en 1939, se pose la question de sa future orientation scolaire. Tandis qu’il envisage d'entrer à l'école des Beaux-Arts, ses parents préfèrent le voir embrasser une carrière de pharmacien. Également dissuadé par son oncle maternel, il accepte à contrecœur un stage en officine et s'inscrit en Faculté de pharmacie. Il continue de dessiner et à la suite d’un voyage en Angleterre, il signe ses dessins sous le pseudonyme de « Longfellow ». Quant à ses études de Pharmacie, il échoue aux examens dès la première année.

Il tourne la page sans regret pour s'inscrire en licence d’anglais à la faculté de Lettres de Toulouse. Parallèlement, il obtient des responsabilités au sein de la délégation régionale à la jeunesse du haut Languedoc des Éclaireurs de France. Ses études et son engagement au sein du scoutisme régional sont interrompus par son obligation d’intégrer les chantiers de jeunesse. Pendant cette période (1941-1943), des dessins humoristiques qu’il signe sous le pseudonyme de « Clair » sont publiés dans la revue « Le Routier ». Il distribue aussi sous forme de tracts de petits dessins humoristiques anti allemands. Interrogé par la Police française et mis en garde par la Résistance toulousaine des Éclaireurs de France, il quitte Toulouse au printemps 1943.

Il rejoint Lille (Nord) où il retrouve Denise Bello, également Éclaireuse de France, rencontrée au cours de l’été 1938 à Saint Jorioz (Haute-Savoie), sur les bords du lac d'Annecy où les Éclaireurs locaux possèdent un terrain de camp et une base nautique. Denise et Henri se marient rapidement. Quatre enfants naitront successivement de cette union. 

En 1946, Henri travaille à Saint-Quentin (Aisne) puis à Lille (Nord) et s'inscrit parallèlement comme « artisan-dessinateur ». Il continue de signer sous le pseudonyme de « Clair ». Plus attiré par le dessin publicitaire alors en plein essor, Henri prend vite conscience que c'est à Paris que tout se joue et décide de quitter Lille pour s’embaucher à l'imprimerie Oberthür à Rennes (Ille-et-Vilaine). Après deux années, il entre en 1950 à l'atelier de la Société française d'impressions et de cartonnages (S.F.I.C) à Paris dans le 20e arrondissement où il se lie d’amitié avec l’illustrateur espagnol Badia Vilato (1914-2012). La famille Favre réside alors à Sevran.

Après trois ans passés à la SFIC, Henri devient dessinateur indépendant et courant 1953, la famille s'installe à Paris (20e), dans l'appartement qu'elle vient d'acquérir, rue Olivier Métra. Henri y installe son atelier.

Bien que discret et modeste, se considérant simplement artisan, Henri Favre est reconnu comme dessinateur publicitaire, en particulier pour la campagne de lancement des cigarettes de la marque Disques bleu. Il dessine à la fois pour l’affichage et les produits dérivés qui trôneront dans les débits de tabac. Plusieurs de ses affiches paraissent dans les éditions 1955-56 et 1956-57 de l'annuaire international de l'affiche.

Travaillant pour de grandes marques de l’époque comme Esso, Evian, Lustucru, Savora, Vichy, Mont-Blanc et pour l’industrie musicale (Polydor, Pathé-Marconi, Columbia, Odéon ou Philips), ses dessins servent aussi pour des produits dérivés (buvards, protège-cahier, thermomètres).

Henri prend définitivement sa retraite en 1986 et continue à peindre et à dessiner pour son plaisir.

Restés des figures importantes du scoutisme laïque traditionnel, Henri et Denise avaient repris leur engagement dès 1967 au sein d’un groupe parisien des Éclaireurs de France. N'ayant pas retrouvé le scoutisme de leur jeunesse dans les évolutions qu'avait connues le mouvement, ils finirent par choisir la séparation et en 1989, furent à l'initiative d'un nouveau mouvement baptisé Fédération des Éclaireuses et Éclaireurs (la F.E.E.) dont Henri a dessiné le sigle.

Henri Favre est décédé d’un cancer en 2003. Ses cendres reposent dans le jardin du souvenir du petit cimetière de Marainviller (Meurthe-et-Moselle), commune dans laquelle s’installa définitivement son épouse Denise, elle-même décédée en 2015.